El INTA viene sufriendo recortes en sus partidas presupuestarias y en el ajuste de su planta de personal. Aunque posee autarquía financiera y operativa. A demás se financia de la asignación del 0,45 del valor CIF de las importaciones (ley 25641 y modificatorias) y la aplicación del 31,3 del producto de la tasa de estadística creada por ley 23.664, la realidad indica que hay un claro objetivo de desfinanciar al organismo de ciencia y tecnología. El que ya tiene más de 60 años de presencia territorial en todo el país.
Para el presente año el Congreso Nacional aprobó para la institución una asignación de $ 7531 millones más un refuerzo de $ 400 millones para gastos operativos (art. 16 del Presupuesto Nacional). El Poder Ejecutivo, haciendo caso omiso a lo resuelto por el Congreso Nacional, asignó para el primer trimestre del año $ 93 millones para gastos operativos cuando debería haber asignado 213 millones.