La AFA fue fundada el 21 de febrero de 1893 en Buenos Aires con el nombre inglés de Argentine Association Football League (AAFL) por iniciativa de Alejandro Watson Hutton, un deportista y educador escocés que organizó la primera liga y es considerado el padre del fútbol argentino.

Y en 1934 se constituyó oficialmente la AAFL como la Asociación del Fútbol Argentino, transformándose en la más antigua del continente americano y la octava en el mundo, además de ser la primera en afiliarse a la FIFA en 1912, y a la Conmebol, de la que es miembro fundador, desde 1916.

El actual presidente es Claudio "Chiqui" Tapia, mientras que Julio Humberto Grondona, desde 1979 hasta su fallecimiento en 2014, fue el que más tiempo permaneció permaneció en el cargo.